Diagnosticarea corecta a unui pacient care sufera de o boala autoimuna poate sa dureze foarte mult, cauza fiind fie lipsa recunoasterii simptomelor acestor boli, fie asemanarea simptomelor unei boli autoimune cu o afectiune mai comuna. De exemplu, multe dintre simptomele sclerozei multiple (SM), una dintre cele mai frecvente afectiuni neurologice ale adultilor tineri, sunt similare cu cele intalnite la boala Lyme. Spre deosebire de Scleroza Multipla, Lyme nu este o boală autoimuna, ci o afectiune infectioasa.
Totodata, un alt motiv pentru care diagnosticarea corecta a unei boli autoimune dureaza mult este ca unele simptome resimtite de pacienti pot aparea sau disparea pentru o anumita perioada, in functie de diversi factori, precum alimentatia sau stilul de viata.